En el siglo XXI, la policía para realizar frente al aumento de la criminalidad con especial interés, el terrorismo y las bandas criminales armadas, se convierte en una policía militarizada teniendo a su disposición tanques de última generación para hacer frente en las operaciones más difíciles y complejas. Leona Ozaki, es una joven policía que entra dentro del cuerpo del escuadrón del departamento de policía blindado e inicia su camino, al principio con dificultades al ser la única mujer dentro del grupo, tras ser trasladada del departamento motorizado donde estaba anteriormente. Junto a personajes como el Teniente Britain y a su compañero Al, que se enfrentarán al crimen organizado en un mundo donde la contaminación tóxica, ha provocado desde mutaciones en las personas, al ascenso de los robots.

La historia comienza cuando el Dr. Akamashi, científico al servicio del gobierno, lanza un ataque de estado al Reino de Forland. En su lecho de muerte, el rey de Forland envía a su hija, la princesa Alita Forland, a buscar a su hermano Kaito, que está fuera del reino en una misión diplomática. Alita huye del castillo y consigue llegar al bosque. Cuando los guardias que acompañan a Alita son atacados por una bestia del bosque, Alita sale corriendo del bosque y tropieza con Faris, una cazarrecompensas, y éstas caen juntas por un barranco. Debido a la experiencia cercana a la muerte que han vivido las dos juntas, intercambian sus cuerpos. Por ello, la cazarrecompensas Faris deberá proteger el Reino de Forland por Alita y así nacerá su leyenda como "Murder Princess(la princesa asesina)".

Se dice que su poder es comparable al de las Armas Ancestrales, la "carta de triunfo" de la Marina, "La Piedra Dyna", fue robada. El responsable es el temido y terriblemente poderoso, ex-Almirante de la Marina, un hombre llamado "Z", quien se cruza en el camino de los Piratas del Sombrero de Paja. El Cuartel General de la Marina se mueve hacia adelante para hacer frente a esta conspiración, que es capaz de hacer temblar los pilares del Nuevo Mundo. Por otra parte el ex-almirante Aokiji, persigue a los Sombreros de Paja por el Nuevo Mundo, mientras estos deciden enfrentar a Z y a su tripulación con su increíble poder.

Tres historias de animación manga, basadas en tres historias gráficas cortas del maestro Katsuhiro Ôtomo, creador de "Akira": - Rosa Magnética (dirigida por Koji Morimoto) está basada en un manga de Otomo, en el que dos astronautas, siguiendo una señal de auxilio, son arrastrados al mundo fantástico creado por los recuerdos de una mujer. - Bomba Fétida (dirigida por Tensai Okamura) es la historia de un joven químico que se transforma por accidente en un arma biológica imparable que se encamina directamente a Tokyo. - Carne de Cañón (dirigida por el propio Katsuhiro Ôtomo) describe un día en la vida de una ciudad cuya única razón de ser es lanzar cañonazos a un enemigo desconocido.